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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
19/04/2010 |
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Data da última atualização: |
19/10/2010 |
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Autoria: |
TAMBARUSSI, E. V.; MELOTTO-PASSARIN, D. M.; GONZALEZ, S. G.; BRIGATI, J. B.; JESUS, F. A. de; BARBOSA, A. L.; DRESSANO, K.; CARRER, H. |
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Afiliação: |
EVANDRO VAGNER TAMBARUSSI, ESALQ/USP; DANILA MONTEWKA MELOTTO-PASSARIN, ESALQ/USP; SIMONE GUIDETTI GONZALEZ, ESALQ/USP; JOICE BISSOLOTI BRIGATI, ESALQ/USP; FREDERICO ALMEIDA DE JESUS, ESALQ/USP; ANDRÉ LUIZ BARBOSA, ESALQ/USP; KEINI DRESSANO, ESALQ/USP; HELAINE CARRER, ESALQ/USP. |
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Título: |
In silico analysis of Simple Sequence Repeats from chloroplast genomes of Solanaceae species. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
Crop Breeding and Applied Biotechnology, Londrina, v. 9, n. 4, p. 344-352, Dec. 2009. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The availability of chloroplast genome (cpDNA) sequences of Atropa belladonna, Nicotiana sylvestris, N. tabacum, N. tomentosiformis, Solanum bulbocastanum, S. lycopersicum and S. tuberosum, which are Solanaceae species, allowed us to analyze the organization of cpSSRs in their genic and intergenic regions. In general, the number of cpSSRs in cpDNA ranged from 161 in S. tuberosum to 226 in N. tabacum, and the number of intergenic cpSSRs was higher than genic cpSSRs. The mononucleotide repeats were the most frequent in studied species, but we also identified di-, tri-, tetra-, penta- and hexanucleotide repeats. Multiple alignments of all cpSSRs sequences from Solanaceae species made the identification of nucleotide variability possible and the phylogeny was estimated by maximum parsimony. Our study showed that the plastome database can be exploited for phylogenetic analysis and biotechnological approaches. |
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Palavras-Chave: |
Análise in silico de microssatélites; CpSSR; Filogenética; Marcadores moleculares; Molecular marker; Nucleotide polymorphism; Phylogenetic; Plastomas; Plastome; Polimorfismos de nucleotídeos; Solanaceae species. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aThe availability of chloroplast genome (cpDNA) sequences of Atropa belladonna, Nicotiana sylvestris, N. tabacum, N. tomentosiformis, Solanum bulbocastanum, S. lycopersicum and S. tuberosum, which are Solanaceae species, allowed us to analyze the organization of cpSSRs in their genic and intergenic regions. In general, the number of cpSSRs in cpDNA ranged from 161 in S. tuberosum to 226 in N. tabacum, and the number of intergenic cpSSRs was higher than genic cpSSRs. The mononucleotide repeats were the most frequent in studied species, but we also identified di-, tri-, tetra-, penta- and hexanucleotide repeats. Multiple alignments of all cpSSRs sequences from Solanaceae species made the identification of nucleotide variability possible and the phylogeny was estimated by maximum parsimony. Our study showed that the plastome database can be exploited for phylogenetic analysis and biotechnological approaches.
653 $aAnálise in silico de microssatélites
653 $aCpSSR
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773 $tCrop Breeding and Applied Biotechnology, Londrina$gv. 9, n. 4, p. 344-352, Dec. 2009.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 11 | |
| 2. |  | CANTERI, M. G.; TSUKAHARA, R. Y.; GODOY, C. V.; KIMPARA, L. C.; GALLE, S. Sistema especialista para auxílio à tomada de decisão para controle da ferrugem asiática da soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 6., 2007, São Pedro, SP. Anais... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2007. p. 186-190. 1 CD-ROM. Editado por Sonia Ternes e Luiz Henique A. Rodrigues. SBIAgro 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 4. | | BAVARESCO, J. L.; LAZZARETTI, A. T.; TSUKAHARA, R. Y.; PAVAN, W.; FERNANDES, J. M. C. A weather-based simulation model for wheat blast incidence. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FUSARIUM HEAD BLIGHT, 5.; INTERNATIONAL WORKSHOP ON WHEAT BLAST, 2., 2016, Florianópolis. Book of abstracts... Passo Fundo: Ed. Universidade de Passo Fundo: Embrapa Trigo; Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, 2016. p. 161, abstr. P97. 2nd International Workshop on Wheat Blast.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 5. | | CANTERI, M. G.; GODOY, C. V.; TSUKAHARA, R. Y.; SILVA, O. C.; CARAMORI, P. H.; FARIA, R. T. Estimativa de épocas e regiões favoráveis à ocorrência de infecções por patógenos foliares no estado do Paraná. Fitopatologia Brasileira, Brasília, v. 28, p. S383-384, ago. 2003. Suplemento. Resumo 841. Edição do XXXVI Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Uberlândia, MG, ago. 2003.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 6. | | LOURENÇO JUNIOR, V.; BORGES, E. P.; SCHIPANSKI, C. A.; TSUKAHARA, R. Y; FEKSA, H. R.; SPADER, V.; FONTOURA, S. M. V.; DUHATSCHEK, B. A visão e experiência de órgãos de pesquisa e fundações no manejo do mofo-branco nas áreas de produção. In: JACCOUD FILHO, D. de S.; HENNEBERG, L.; GRABICOSKI, E. M. G. (Ed.). Mofo branco. Ponta Grossa: TODAPALAVRA, 2017. p. 111-117.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 7. | | HEINEMANN, A. B.; PINHEIRO, P. V.; MATTA, D. H. da; STONE, L. F.; PIETRAFESA, P. A.; RIBEIRO, W. R.; TSUKAHARA, R. Y.; JORIS, H. A. W. Strategies for fungicide application based on the yield response of common bean genotypes under El Ni˜no-Southern Oscillation (ENSO). European Journal of Agronomy, v. 154, 127090, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 8. | | TSUKAHARA, R. Y.; FONSECA, I. C. de B.; SILVA, M. A. de A.; KOCHINSKI, E. G.; PRESTES NETO, J.; SUYAMA, J. T. Produtividade de soja em consequência do atraso da colheita e de condições ambientais. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 51, n. 8, p. 905-915, ago. 2016. Título em inglês: Soybean yield as a consequence of harvest delay and environmental conditions.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 9. | | FERNANDES, J. M. C.; NICOLAU, M.; PAVAN, W.; HÖLBIG, C. A.; KARREI, M.; VARGAS, F. de; BAVARESCO, J. L. B.; LAZZARETTI, A. T.; TSUKAHARA, R. Y. A weather-based model for predicting early season inoculum build-up and spike infection by the wheat blast pathogen. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 42, n. 3, p. 230-237, June 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 10. | | BERGAMO, P. J.; WOLOWSKI, M.; TAMBOSI, L. R.; GARCIA, E.; AGOSTINI, K.; GARIBALDI, L. A.; KNIGHT, T. M.; LUGHADHA, E. N.; OLIVEIRA, P. E. A. M.; MARQUES, M. C. M.; MARUYAMA, P. K.; MAUES, M. M.; OPPATA, A. K.; RECH, A. R.; SARAIVA, A. M.; SILVA, F. D. S.; SOUSA, G.; TSUKAHARA, R. Y.; VARASSIN, I. G.; VIANA, B. F. Areas requiring restoration efforts are a complementary opportunity to support the demand for pollination services in Brazil. Environmental Science & Technology, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 11. | | BERGAMO, P. J.; RITO, K. F.; VIANA, B. F.; GARCIA, E.; LUGHADHA, E. N.; MAUES, M. M.; RECH, A. R.; SILVA, F. D. S.; VARASSIN, I. G.; AGOSTINI, K.; MARQUES, M. C. M.; MARUYAMA, P. K.; RAVENA, N.; GARIBALDI, L. A.; KNIGHT, T. M.; OLIVEIRA, P. E. A. M.; OPPATA, A. K.; SARAIVA, A. M.; TAMBOSI, L. R.; TSUKAHARA, R. Y.; WOLOWSKI, M. Integrating public engagement to intensify pollination services through ecological restoration. iScience, v. 26, n. 8, Article 107276, Aug. 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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